自然腐殖酸肥料主要存在于泥炭、褐煤和風化煤中，洗煤的副產品煤矸石和煤中也含有一些內蒙古腐植酸生產。從古代有機物演化而來的天然煤，經過長時間的演變，碳水化合物轉化為煤，一部分分解生成腐植酸，與煤、鈣、鎂等物質結合。
褐煤的上段煤經長時間風化，形成風化褐煤，又稱為風化煤。粉煤灰是目前制取腐殖酸的主要原料。用風化煤制得高效可溶腐植酸肥料不容易，首先要選好的原料，原料中的腐植酸含量要達到40%~50%，鈣、鎂離子的含量在2%左右。腐殖酸不溶于水，這是腐殖酸能否利用的根本問題。腐殖酸僅以可溶性即腐殖酸為離子態，才能發揮真正的作用。據介紹，腐植酸有機肥料對提高葡萄、紅棗、梨樹等作物的產量有很大作用，而改良土壤結構的土壤含鹽量由1%降到0.65%。
當前，我國的腐植肥料有三種類型：
一種是袋裝大肥，是做底肥，主要作用是改良土壤，提高土壤結合肥力;
第二是沖施肥，是將可溶腐植酸(腐植酸鈉或腐植酸鉀)加一些氮、磷、微肥等元素;第三類是腐植酸鉀(鈉)對植物根系的刺激作用，從而促進根系發育，提高作物抗病、抗旱、抗寒能力，同時補氮、磷、微肥等元素;
第三類是葉肥，主要是腐植酸鉀(鈉)對植物根系的刺激作用，從而促進根系發育，提高作物抗病、抗旱、抗寒能力，同時補氮、磷、微肥等元素;